Incidence
La plupart des myopathies des ceintures sont rares, avec une prévalence estimée allant de 2,4-7,3 pour 100 000 (Becker) à 0,07 pour 100 000 (LGMD2D, E) à 0,43 pour 100 000 (LGMD2I)
Héritage
- La plupart des sous-types de myopathies des ceintures sont autosomiques récessifs (LGMD2A-Q, Pompe)
- Plusieurs sous-types rares sont autosomiques dominants (LGMD1A-E)
- Quelques myopathies sont liées au chromosome X (Becker, EGMD-X1, -X2)2
Admissibilité au programme
Le programme de diagnostic Roadmap2Rare* pour le dépistage des troubles musculaires est destiné aux patients qui présentent les caractéristiques suivantes :
- Évidences évocatrices d’une pathologie musculaire, ET
- Faiblesse musculaire, OU
- Insuffisance respiratoire inexpliquée, OU
- Autre(s) symptôme(s) suggérant une atteinte musculaire.
*Ce programme de test n’est pas approprié pour les tests de porteurs.
À propos du test
Algorithme du test :
Ce panel analyse 122 gènes associés aux myopathies des ceintures, à d’autres myopathies et aux syndromes myasthéniques.
- Un panel de gènes NGS sera réalisé.
- Le séquençage et l’analyse des délétions/duplications seront effectués sur les régions codantes de tous les gènes inclus (sauf indication contraire).
Gènes testé
ACTA1, ACTN2, AGRN, ANO5, ATP2A1, B3GALNT2, B4GAT1, BAG3, BIN1, BVES, CACNA1S, CAPN3, CASQ1, CAV3, CCDC78, CFL2, CHAT, CHKB, CHRNA1, CHRNB1, CHRND, CHRNE, COL12A1, COL13A1, COL6A1, COL6A2, COL6A3, COLQ, CPT2, CRPPA, CRYAB, DAG1, DES, DMD, DNAJB6, DNM2, DOK7, DPAGT1, DPM3, DYSF, EMD, FHL1, FKBP14, FKRP, FKTN, FLNC, GAA, GFPT1, GMPPB, GNE, HNRNPDL, INPP5K, ITGA7, KBTBD13, KLHL40, KLHL41, KY, LAMA2, LAMP2, LARGE1, LDB3, LMNA, LMOD3, LRP4, MEGF10, MTM1, MUSK, MYBPC1, MYF6, MYH2, MYH7, MYO18B, MYOT, MYPN, NEB, ORAI1, PABPN1, PAX7, PFKM, PHKA1, PLEC, PNPLA2, POGLUT1, POMGNT1, POMGNT2, POMK, POMT1, POMT2, PYGM, RAPSN, RBCK1, RXYLT1, RYR1, SCN4A, SELENON, SGCA, SGCB, SGCD, SGCG, SLC18A3, SLC25A1, SLC5A7, SPEG, STAC3, STIM1, SYNE1, SYNE2, SYT2, TCAP, TMEM43, TNNT1, TNPO3, TOR1AIP1, TPM2, TPM3, TRAPPC11, TRIM32, TRIP4, TTN, VAMP1, VCP, VMA21
Méthodes d’essai et limites
Le séquençage est effectué sur de l'ADN génomique à l'aide d'une méthode de capture de séquence ciblée Agilent pour enrichir l'exome. Le séquençage direct des régions amplifiées capturées a été effectué en utilisant des lectures de 2X150bp sur des systèmes de séquençage de nouvelle génération (NGS) Illumina. Une base est considérée comme ayant une couverture suffisante à 20X et un exon est considéré comme entièrement couvert si toutes les bases codantes plus trois nucléotides de séquence flanquante de chaque côté sont couverts à 20X ou plus. Une liste de ces régions, le cas échéant, est disponible sur demande.
L'alignement sur le génome de référence humain (GRCh37) est effectué et les variants annotés sont identifiés dans la région ciblée. Les variants examinés ont une couverture minimale de 8X et une fréquence d'allèle alternatif de 20% ou plus. Les indel et les variants nucléotidiques simples (SNV) peuvent être confirmés par une analyse de séquence Sanger avant d'être signalés, à la discrétion du directeur. Ce test ne peut pas détecter les variants dans les régions de l'exome qui ne sont pas couvertes, telles que les régions introniques profondes, les régions promotrices et les régions d'extension, les zones contenant un grand nombre de tuples. Les régions contenant un grand nombre de répétitions en tandem et les variants de l'ADN mitochondrial. L'analyse de la variation du nombre de copies (CNV) permet de détecter les délétions et les duplications ; dans certains cas, en raison de la taille des exons, de la complexité de la séquence ou d'autres facteurs, toutes les CNV ne peuvent pas être analysées ou peuvent être difficiles à détecter. Lorsqu'elle est signalée, la taille de la variante du nombre de copies est approximative. Les points de rupture réels peuvent se situer en dehors des régions ciblées. L'analyse des CNV ne permet pas de détecter les répétitions en tandem, les altérations équilibrées (translocations réciproques, translocations robertsoniennes, inversions et insertions équilibrées), la méthylation et les modifications de l'ADN. Les anomalies de méthylation, la triploïdie et les déséquilibres génomiques dans les régions à duplication segmentaire. Ce test n'est pas conçu pour détecter le mosaïcisme ; les cas possibles de mosaïcisme peuvent être étudiés à la discrétion du directeur du laboratoire. L'analyse des données primaires est effectuée à l'aide du convertisseur bcl2fastq v2.19 d'Illumina. L'analyse secondaire est effectuée à l'aide de la plateforme DRAGEN Bio-IT d'Illumina v.3.10.8. L'analyse des données tertiaires est effectuée à l'aide de SnpEff v5.0 et du logiciel interne ODIN v.1.01 de Revvity Omics. Le CNV et l'absence d'hétérozygotie sont évalués à l'aide du logiciel NxClinical v6.1 de BioDiscovery. Les gènes et/ou exons situés dans les régions pseudogènes ne sont pas couverts par cette analyse, même s'ils sont inclus dans la liste de gènes demandée par le fournisseur de la commande.
Exigences détaillées en matière d’échantillons
ADN, isolé
Prélèvement:
Quantité de l’ADN requise pour chaque type de test* :
- Séquençage de nouvelle génération (NGS) : Envoyez >1000 ng d’ADNg au total @ >15 ng/μL. Veuillez expédier les échantillons dans du tampon Tris 10mM. Ne pas utiliser d’EDTA.
- Séquençage de Sanger : Envoyez >500 ng d’ADNg au total @ >15 ng/μL (varie en fonction de la taille du gène et des variants recherchés).
- Tests de séquençage de type non-Sanger : Envoyez >500 ng d’ADNg au total @ >15 ng/μL.
Conservation: * Qualité de l’ADN requise : ADN de poids moléculaire élevé (>12 kb). Le rapport A260/A280 doit être ≥ 1,8. Un ratio A260/230 compris entre 1,8 et 2,2. Contactez le laboratoire pour des quantités spécifiques si le total ng ne peut être respecté.
Expédition: Expédiez dans la nuit à température ambiante.
Instructions spéciales:
- Laboratoires de recherche: L’ADN extrait dans un laboratoire de recherche ne peut être accepté. L’ADN extrait dans un laboratoire de recherche ne sera accepté pour les essais cliniques que dans des circonstances exceptionnelles (par exemple, si le proband n’est pas disponible). D’autres essais (par exemple, sur d’autres membres de la famille) peuvent être nécessaires pour confirmer les résultats.
- Laboratoires en dehors des États-Unis: Les laboratoires situés hors des États-Unis ne sont pas soumis à la réglementation CLIA et seront examinés au cas par cas. Veuillez appeler pour parler avec un conseiller génétique du laboratoire avant d’envoyer un échantillon d’ADN provenant d’un laboratoire non certifié par la CLIA.
- Notes spéciales: Si l’ADN extrait est envoyé, les informations relatives à la méthode utilisée pour son extraction doivent être transmises avec l’échantillon.
Gouttes de sang séché
Bac(s) collecteur(s): Carte à point de sang séché
Prélèvement: Respectez les instructions figurant sur la trousse. Laissez brièvement le sang saturer la carte jusqu’à ce que les zones indiquées soient remplies et que le sang ait traversé la carte. Laissez la carte sécher à l’air, à température ambiante, pendant au moins 3 heures.
- NBS: Veuillez contacter Revvity Omics pour obtenir le kit StepOneMD.
- Séquençage de gènes: Veuillez contacter le Revvity Omics pour obtenir le kit de prélèvement DBS.
- Pour les DBS préperforés : Le minimum requis est de 6 perforations de 3,2 mm ou 4 perforations de 4,75 mm.
Conservation: Suivez les instructions fournies avec le kit de prélèvement. Conservez le sang séché à température ambiante pendant deux jours maximum. Si l’échantillon ne peut être envoyé dès qu’il est sec, le papier-filtre doit être placé dans un sac plastique refermable et conservé au réfrigérateur (≤ 8 °C) ou de préférence dans un congélateur.
Expédition: Respectez les instructions figurant sur la trousse. Double sac et expédition pendant la nuit à température ambiante.
Salive
Bac(s) collecteur(s): Kit de prélèvement d’échantillons de salive OrageneMC ou kit de prélèvement ORAcollect-Dx: Prélevez de la salive en vous conformant aux instructions du fabricant et en vous servant d’un kit de prélèvement d’échantillons de salive OrageneMC ou d’un kit ORAcollect-Dx.
Conservation: Conservez à température ambiante. Évitez de congeler.
Expédition: Expédiez dans la nuit à température ambiante.
Instructions spéciales: Veuillez contacter Revvity Omics pour obtenir le kit de prélèvement d’échantillons de salive pour les patients qui ne peuvent pas fournir d’échantillon de sang, étant donné que le sang total est l’échantillon préféré.
Sang total (EDTA)
Bac(s) collecteur(s): Tube EDTA (à bouchon violet)
Prélèvement: Nourrissons (<2 ans) : 2 à 3 ml; Enfants (>2 ans) : 3 à 5 ml; Enfants et adultes âgés : 5 ml minimum. Le tube de sang doit être inversé plusieurs fois immédiatement après le prélèvement sanguin afin de prévenir la coagulation.
Conservation: Conservez à température ambiante. Évitez de congeler.
Expédition: Expédiez dans la nuit à température ambiante pour garantir une réception dans les 5 jours suivant le prélèvement.
Instructions spéciales: Les échantillons de sang coagulé ou hémolysé ne sont pas acceptés.
Références
1. Narayanaswami P, Weiss M, Selcen D, et al. Evidence-based guideline summary: diagnosis and treatment of limb-girdle and distal dystrophies. Neurology. 2014;83:1453-1463.
2 . Murphy AP, Straub V. The classification, natural history and treatment of the limb girdle muscular dystrophies. Journal of Neuromuscular Diseases. 2015;2:S7-S19.
Le programme de diagnostic Roadmap2Rare n’est pas destiné à interférer et ne doit pas interférer de quelque manière que ce soit avec le jugement indépendant et la liberté de choix d’un professionnel de la santé ou d’un patient en ce qui concerne les tests et les options de traitement pour ces maladies. Les professionnels de la santé et les patients doivent toujours prendre en considération la panoplie complète de tests et d’options de traitement et choisir celles qui conviennent le mieux à chaque patient.